Pierwsze wzmianki o miasteczku na zbiegu rzek Żejmiany i Dubinki (Dubingi) w źródłach pisanych odnotowano w XV wieku. Dawniej nie było tu mostu, aby dostać się na drugą stronę, rzekę należało po prostu przebrnąć, stąd też prawdopodobnie nazwa miasteczka („Pabradė“, w języku litewskim „brada“ — „bród“).
Osada przez dłuższy czas należała do dworu, zarządzanego przez rody magnackie — Nosiłowskich, Radziwiłłów, Tyzenhauzów, Tyszkiewiczów. Do wieku XIX Podbrodzie było niewielkim miasteczkiem przy drodze Wilno — Daugawa. Nieopodal znajdowała się karczma, zachowana po dzień dzisiejszy. Osada zaczęła się rozrastać dopiero w drugiej połowie XIX wieku, kiedy to przeprowadzono przez nie linię kolejową Sankt-Petersburg — Warszawa.
W 1927 roku byłą cerkiew prawosławną w Podbrodziu przerobiono na kościół katolicki pod wezwaniem św. Józefa (architektura w stylu neobizantyjskim).
W 1939 roku, zgodnie z narzuconą Litwie umową moskiewską, w okolicy Podbrodzia, na terytorium poligonu z czasów panowania cara, utworzono sowiecką bazę wojskową. 15 czerwca 1940 roku wyruszyła stąd jedna z fal okupanckich.
Pierwszego września 1957 roku w Podbrodziu otwarto siedmioletnią szkołę z litewskim językiem nauczania, dwa lata później szkołę reorganizowano, tworząc z niej Szkołę Średnią Nr. 2. W 1963 roku otwarto miejski dom kultury oraz Szkołę Średnią Nr. 1 (z polskim i rosyjskim językiem nauczania). Rozpoczęła swą działalność biblioteka miejska oraz szkoła muzyczna.
Po odzyskaniu przez Litwę niepodległości do kraju zaczęli napływać nielegalni migranci. W Podbrodziu utworzono centrum rejestracji uchodźców.
