W 1760 roku w Mielegianach zbudowano drewnianą kaplicę. Justyna Kublickiene, spełniając w ten sposób wolę swojego zmarłego małżonka, w 1779 roku w miasteczku, nieopodal kościoła, wyznaczyła miejsce na budowę nowego, murowanego kościoła oraz szkoły. W 1790 stanął tu zachowany do dziś murowany kościół pod wezwaniem Jana Chrzciciela. Obrazy, znajdujące się w kościele namalował Vincas Smakauskas (1797-1876).
W XIX wieku w kościele działała szkoła parafialna. Większość księży, przydzielanych do Mielegian, było Polakami, jednak przybyły w 1903 roku proboszcz Placidas Szarkauskas nauczył parafian modlić się i śpiewać po litewsku, odnowił zaniedbany kościół.
Karolis Gumbaragis, proboszcz kościoła od 1925 roku, w 1926 założył tu filię towarzystwa św. Kazimierza, rozpowszechniał prasę litewską. Prześladowany i więziony, po zakończeniu II Wojny Światowej zesłany na Syberię.
Trzynawowy kościół na planie prostokąta jest przykładem budowli w stylu klasycystycznym.
- Lietuviškai
- English
- Po polsku
- По-русски








