Obecny kościół w Koczergiszkach zbudowano w 1993 roku, na miejscu dawnej kaplicy. Pierwsza kaplica w tym miejscu była zbudowana w 1743, przebudowana w 1783 roku. W latach 1988-1989 kościół w Koczergiszkach został wyburzony, jego resztki spalono.
Przy kościele znajduje się kaplica przydrożna „Zmartwychwstanie Chrystusa“ autorstwa T. Patiejūnasa.
