Budowę kościoła i dzwonnicy w Kiejdanach rozpoczęli bracia karmelici w 1703 roku, Sprzeciwiali się jednak temu miejscowi reformaci, dlatego budowę ukończono dopiero w roku 1766. Po Pierwszej Wojnie światowej nabożeństwa tu odbywały się wyłącznie dla uczniów, a w latach 1963-1991 kościół był zamieniony na magazyn. W roku 1991 kościół, restaurowany według projektu architekta D. Juozėnasa, oddano do użytku wiernym.
Kościół stoi nad brzegiem Niewiaży. Jest drewniany, w stylu baroku ludowego, dwuwieżowy. Wnętrze ma trzynawowe, można tu obejrzeć doskonale zachowane ołtarze i obrazy z XVIII wieku. Na placu przykościelnym stoi drewniana dzwonnica.
